Analytické a výpočetní metody pro prostorově rozlišenou transkriptomiku

Prostorově rozlišená transkriptomika je nový směr transkriptomiky, který umožňuje současně se stanovením míry exprese genů určit i přesné umístění molekul mRNA ve vzorku. Prostorové rozlišení může, dle použité technologie, odpovídat ploše několika buněk při celogenomové analýze nebo určovat polohu jednotlivých molekul mRNA uvnitř buňky u panelu genů. Integrativní zpracování informací o genové expresi a prostorového uspořádání transkriptů představuje výzvu, pro kterou se v současnosti vyvíjejí vhodné bioinformatické nástroje.

Cílem práce je ve spolupráci s bioinformatiky Laboratoře genomiky a bioinformatiky ÚMG AV ČR vyvíjet a testovat bioinformatické postupy pro analýzu dat prostorově rozlišené transkriptomiky a implementovat dílčí kroky integrativní analytické pipeline.

- Rešerše dostupných řešení a nástrojů pro analýzu prostorově rozlišené transkriptomiky.

- Výběr vhodného nástroje nebo návrh nového přístupu.

- Implementace a testování zvoleného řešení na reálných datech.