Aplikace Shape Matching a De Novo návrhu léčiv v praxi: Objevování nových léčiv pro obtížné cíle

Tato bakalářská práce zkoumá možnost kombinace de novo návrhu léčiv a metody tvarového porovnávání (shape matchingu). De novo návrh léčiv algoritmicky generuje nové molekuly a řídí se při tom informacemi o cíli nebo ligandu, často s využitím hlubokého učení k efektivnímu prozkoumání rozsáhlého chemického prostoru. Vedle toho metoda tvarového porovnávání vyhodnocuje 3D molekulární podobnost za účelem identifikace kandidátů kompatibilních s vazebnými místy cíle, které však nemusí být známé, když jsou cílové struktury flexibilní nebo je jejich 3D uspořádání stanoveno s nízkým rozlišením (tj. např. intrinsicky neuspořádané proteiny (IDP), které postrádají rigidní struktury vazebných míst). Integrace těchto metod proto umožňuje generování a hodnocení nových, tvarově komplementárních sloučenin pro takové cíle. Cílem projektu bude vybrat potenciální cíl s těmito vlastnostmi od jednoho z našich spolupracovníků a validovat vyvinutý pracovní postup jeho aplikací na tento cíl.

- Provést hloubkovou rešerši literatury o de novo návrhu léčiv, porovnávání tvarů a specifických výzvách objevování léčiv, když cílová 3D struktura není k dispozici.

- Vyvinout a implementovat výpočetní postup, který integruje de novo molekulární návrh s metodami porovnávání tvarů, přizpůsobený pro řešení vybraného cíle.

- Provést výpočetní experimenty pro generování a hodnocení nových molekul.