INFO : Successfully started log file 'model.loop.log' ________________________________________________________________________________ Nova Protein structure prediction by fragment assembly (Ver. 0.6.6) ________________________________________________________________________________ INFO : Printing configuration for program 'nova' INFO : Configuration file '/bmm/www/servers/phyre2/bin/loop_local.config' ________________________________________________________________________________ [Query Input] FASTA_FILE = /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/4e20dd75aaf64016/input.fasta PSSM_FILE = /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/4e20dd75aaf64016/assembler.pssm MODEL_START_LIST = model_start.list BUILD_INITIAL_REFERENCE = 0 BUILD_UP_MAX_MODELS = 1 ________________________________________________________________________________ [Energy Functions] PP_STUB = /bmm/www/servers/phyre2/bin/assembler_data/default.pp SP_STUB = /bmm/www/servers/phyre2/bin/assembler_data/default.sp BBDEP_LIBRARY_THRESHOLD = 0.9 RADIUS_OF_GYRATION_THRESHOLD = 2 RADIUS_OF_GYRATION_ABSOLUTE = 0 CBCB_CONTACT_DIST = 7.5 CONTACT_GAP = 5 MAXSUB_DIST = 6 MAXSUB_ITER = 1 RMSD_DIST = 6 HBOND_SEPARATION = 5 RESIDUE_PROB_CUT_OFF = 0.2 PP_RESIDUE_PROB_CUT_OFF = 0.4 MAX_CALIBRATE_ENERGY = 500 CUTOFF_PHI_PSI = 0.001 TORSION_BILINEAR = 1 LJ_SWITCH_RATIO = 0.7 ENERGY_SET_MODE = 0 NUMBER_OF_ENERGY_SETS = 1 ________________________________________________________________________________ [Energy Set 1] T_LIMIT = 0 WEIGHT_PAIR_POTENTIAL = 0.215 WEIGHT_SOLVATION_POTENTIAL = 1 WEIGHT_STERIC_ENERGY = 5.03 WEIGHT_RADIUS_OF_GYRATION = 2.83 WEIGHT_TORSION_ENERGY = 1.14 WEIGHT_HBONDS_ORIENT = 5.27 STERIC_CLASH = 1 PAIR_SEPARATION_MIN = 3 SS_METHOD = 0 ENERGY_SCALE_FACTOR = 0 ________________________________________________________________________________ PROB_REFINE_HELIX = 1 PROB_REFINE_SHEET = 1 PROB_REFINE_COIL = 1 ________________________________________________________________________________ PROB_SHEAR_STRAND_C = 0 PROB_PHI_PSI_TWIST_C = 0 PROB_PHI_PSI_TILT_C = 0 PROB_TEMPLATE_SPLICE_C = 0 PROB_FRAG_9_C = 0 PROB_FRAG_3_C = 1 PROB_GUNN_COST_9_C = 0 PROB_GUNN_COST_3_C = 0 PROB_STABILISE_TWIST_C = 0 PROB_STABILISE_TILT_C = 0 PROB_STABILISE_TEMPLATE_C = 0 PROB_STABILISE_FRAG_9_C = 0 PROB_STABILISE_FRAG_3_C = 0 PROB_STABILISE_GUNN_9_C = 0 PROB_STABILISE_GUNN_3_C = 0 ________________________________________________________________________________ FULL_ATOM_MODEL = 0 ________________________________________________________________________________ [Model Building] MAX_MODELS = 1000 MAX_BUILD_ITERATIONS = 100 MAX_JOIN_ITERATIONS = 5 MAX_JOIN_REFINE_ITERATIONS = 5 MAX_REFINE_ITERATIONS = 5 MAX_SPLICE_ITERATIONS = 5 SHEAR_STRAND_DISTANCE = 3.8 PHI_PSI_TWIST_LENGTH = 3 PHI_PSI_TWIST_RANGE = 5 PHI_PSI_TILT_LENGTH = 5 PHI_PSI_TILT_RANGE = 15 STABILISE_SIZE = 5 STABILISE_RESTRICT = 1 STABILISE_ITERATIONS = 3 STABILISE_BREAK_THRESHOLD = 1 STABILISE_HELIX = 0 STABILISE_STRAND = 1 STABILISE_MAX_ANGLE_UPDATE = 15 STABILISE_UPDATE_FRACTION = 1 SHEAR_LOOP_SIZE = 8 SHEAR_LOOP_COIL_SIZE = 5 SHEAR_MAX_CCD_ITERATIONS = 300 SHEAR_CCD_THRESHOLD = 0.3 SHEAR_CCD_NC_THRESHOLD = 0.1 SHEAR_CCD_RESTRICT = 0 SHEAR_MAX_ANGLE_UPDATE = 15 SHEAR_MAX_UPDATE_FRACTION = 1 REPACK_FREQUENCY = 25 REPACK_RANDOM = 2 REPACK_THRESHOLD = 0.7 GUNN_COST_UPPER = 0.03 GUNN_COST_LOWER = 11.4701 MAX_MSD_DEVIATION = 16 RESEED_RESTRICTION_INTERVAL = 0 RANDOM_LIST_L = 0 RANDOM_LIST_9 = 0 RANDOM_LIST_3 = 0 RANDOM_LIST_TEMPLATE = 0 RANDOM_BUILD = 0 ________________________________________________________________________________ [Simulated Annealing] T_START_TEMP = 10 T_END_TEMP = 0 CALIBRATION_SEED = 0 T_CALIBRATION_FACTOR = 10 ENERGY_CALIBRATION_FACTOR = 4 MAX_CALIBRATE_START = 500 T_CALIBRATION_FACTOR = 10 T_REDUCE_FACTOR_EXP = 0.5 T_REDUCE_FACTOR_STEPS = 50 RATIO_EXP_TO_LINEAR_SWITCH = 1 MIN_TEMP_THRESHOLD = 0 MAX_TEMP_ITER = 1000 MAX_TEMP_REFINE = 100 MAX_STOP_ITER = 30000 MAX_STOP_REFINE = 2000 DELTA_ROLL_SIZE = 0 DELTA_STOP_THRESHOLD = 0 MAX_QUENCH = 5000 NO_TEMPLATE_RATIO = 0.2 ________________________________________________________________________________ [Loop Modelling] MODEL_LOOPS = 1 LOOP_DATABASE = /data/data/blast/loopdb MIN_LOOP_SIZE = 2 MAX_LOOP_SIZE = 15 POSITIONAL_GAPS = 1 TRIM_BACK = 1 TRIM_BACK_STERIC_CHECKS = 0 MAX_TRIM_RES = 6 MAX_TRIM_EDGE = 6 TRIM_BACK_GOODNESS = 1 SIZE_TRIM_BACK_AV = 0 MAX_SELECT_LOOPS = 500 TOLERANCE = 0.75 RMSD_WEIGHT = 80.5 RMSD_BENCHMARK = 0 FIT_ON_TRIANGLE = 0 CHECK_STERIC_CLASH = 1 CHECK_STERIC_ENERGY = 0 STERIC_ENERGY_THRESHOLD = 0.5 ABINITIO_LOOPS = 0 ABINITIO_ENDS = 0 ABINITIO_TRIM_COUNT = 0 MAX_LOOP_MODELS = 1000 CCD_LOOP_CLOSURE_TOLERANCE = 6 CCD_FAILURE_TOLERANCE = 0 LOOP_SELECTION_TOLERANCE = 9 MAX_CCD_LOOPS = 20 CCD_DIRECTION = 1 CCD_CLOSURE_RMSD = 0.08 CCD_CLOSURE_NC_DEVIATION = 0.1 CCD_MAX_ITER = 5000 CCD_RESTRICT = 1 CCD_MAX_ANGLE_UPDATE = 15 CCD_MAX_UPDATE_FRACTION = 1 MAX_COMBINE_LOOPS = 10 START_T = 2 STEPS_PER_LOOP = 100 REPLACE_TRIMMED = 1 KNOT_FIND = 1 ________________________________________________________________________________ [Logging] LOG_LEVEL = 1 LOG_TIME = 0 LOG_FILE = 0 LOG_FILE_NAME = model.loop.log FOLDING_PATH = 0 OUTPUT_DIR = loop USE_COMPRESSION = 0 FIT_ON_PREVIOUS = 0 USAGE_FILE = nova.model_usage MODEL_START_NO = 1 MODEL_END_NO = 0 OUTPUT_FREQUENCY = 100 UNWEIGHTED_OUTPUT = 0 SPLICE_INFO = 1 SPLICE_FILE = nova.splice_info FRAGVAR_INFO = 0 BAD_FRAG_DIR = nova_bad REFINE_RRG_LIMIT = 0 STOP_FILE = assembler.stop OUTPUT_LOOPS = 0 ________________________________________________________________________________ [Benchmark] BACKBONE_RMSD = 0 OUTPUT_RMSD = 0 OUTPUT_MAXSUB = 0 REFINE_STATS_FREQUENCY = 0 REFINE_STATS_MAX = 20 REFINE_TIME_FREQUENCY = 0 REFINE_TIME_MAX = 5000 MAXSUB_DIST = 6 MAXSUB_ITER = 0 ________________________________________________________________________________ INFO : Reading FASTA sequence file INFO : Reading query PSSM file INFO : Reading Pair-potential file INFO : Reading Solvation-potential file INFO : Reading PDB list file 'model_start.list' INFO : Successfully read 0 PDBs INFO : Successfully read 1 / 1 PDBs from list file 'model_start.list' INFO : Initialising build models routine INFO : Energy Set 1 - C cumul prob_shear_strand = 0.000000 INFO : Energy Set 1 - C cumul prob_phi_psi_twist = 0.000000 INFO : Energy Set 1 - C cumul prob_phi_psi_tilt = 0.000000 INFO : Energy Set 1 - C cumul prob_template_splice = 0.000000 INFO : Energy Set 1 - C cumul prob_frag_9 = 0.000000 INFO : Energy Set 1 - C cumul prob_frag_3 = 1.000000 INFO : Energy Set 1 - C cumul prob_gunn_cost_9 = 1.000000 INFO : Energy Set 1 - C cumul prob_gunn_cost_3 = 1.000000 ________________________________________________________________________________ INFO : Entering build loops routine ________________________________________________________________________________ INFO : Processing starting model 1 - c3ikoC_.20.pdb ________________________________________________________________________________ INFO : Performing trim back INFO : Chain break between residues 104 - 105 INFO : Trim back to residues 104 - 115 ________________________________________________________________________________ INFO : Modelling loops ________________________________________________________________________________ INFO : Gap size 11 between position 104 and 115 : Seq = 'EGTSDRRYNMTE' INFO : Stem parameters: x = -11.18; y = 15.40; beta = 1.82; gamma = -0.81 INFO : Searching loop database file '/data/data/blast/loopdb/-12/15/size.11.b' INFO : Searching loop database file '/data/data/blast/loopdb/-12/16/size.11.b' INFO : Searching loop database file '/data/data/blast/loopdb/-11/15/size.11.b' INFO : Searching loop database file '/data/data/blast/loopdb/-11/16/size.11.b' INFO : Searching loop database file '/data/data/blast/loopdb/-10/15/size.11.b' INFO : Searching loop database file '/data/data/blast/loopdb/-10/16/size.11.b' INFO : Identified 2684 potential loops INFO : Ranking by goodness INFO : Extracting 1 / 1198 from database INFO : Extracting 21 / 1198 from database INFO : Extracting 41 / 1198 from database INFO : Extracting 61 / 1198 from database INFO : Extracting 81 / 1198 from database INFO : Extracting 101 / 1198 from database INFO : Extracting 121 / 1198 from database INFO : Extracting 141 / 1198 from database INFO : Extracting 161 / 1198 from database INFO : Extracting 181 / 1198 from database INFO : Extracting 201 / 1198 from database INFO : Extracting 221 / 1198 from database INFO : Extracting 241 / 1198 from database INFO : Extracting 261 / 1198 from database INFO : Extracting 281 / 1198 from database INFO : Extracting 301 / 1198 from database INFO : Extracting 321 / 1198 from database INFO : Extracting 341 / 1198 from database INFO : Extracting 361 / 1198 from database INFO : Extracting 381 / 1198 from database INFO : Extracting 401 / 1198 from database INFO : Extracting 421 / 1198 from database INFO : Extracting 441 / 1198 from database INFO : Extracting 461 / 1198 from database INFO : Extracting 481 / 1198 from database INFO : Extracting 501 / 1198 from database INFO : Extracting 521 / 1198 from database INFO : Extracting 541 / 1198 from database INFO : Extracting 561 / 1198 from database INFO : Extracting 581 / 1198 from database INFO : Extracting 601 / 1198 from database INFO : Extracting 621 / 1198 from database INFO : Extracting 641 / 1198 from database INFO : Extracting 661 / 1198 from database INFO : Extracting 681 / 1198 from database INFO : Extracting 701 / 1198 from database INFO : Extracting 721 / 1198 from database INFO : Extracting 741 / 1198 from database INFO : Extracting 761 / 1198 from database INFO : Extracting 781 / 1198 from database INFO : Extracting 801 / 1198 from database INFO : Extracting 821 / 1198 from database INFO : Extracting 841 / 1198 from database INFO : Extracting 861 / 1198 from database INFO : Extracting 881 / 1198 from database INFO : Extracting 901 / 1198 from database INFO : Extracting 921 / 1198 from database INFO : Extracting 941 / 1198 from database INFO : Extracting 961 / 1198 from database INFO : Extracting 981 / 1198 from database INFO : Extracting 1001 / 1198 from database INFO : Extracting 1021 / 1198 from database INFO : Extracting 1041 / 1198 from database INFO : Extracting 1061 / 1198 from database INFO : Extracting 1081 / 1198 from database INFO : Extracting 1101 / 1198 from database INFO : Extracting 1121 / 1198 from database INFO : Extracting 1141 / 1198 from database INFO : Extracting 1161 / 1198 from database INFO : Extracting 1181 / 1198 from database INFO : Ranking by loop score INFO : Rank Score = Seq - 80.50 * rms^2 (goodness) : Target seq = EGTSDRRYNMTE INFO : 1 5.450 = 10.000 - 80.50 * 0.238^2 ( 1.441) : FDTELAPEVVTF : Loop ID = 452 : 1YWFA.pdb.bin ( 176 - 187) INFO : 2 5.146 = 7.000 - 80.50 * 0.152^2 ( 0.440) : RSAEPSVFVRTT : Loop ID = 71 : 1MQHA.pdb.bin ( 160 - 171) INFO : 3 5.005 = 8.000 - 80.50 * 0.193^2 ( 0.252) : TPYQKTSIPKNI : Loop ID = 18 : 1EU3A.pdb.bin ( 92 - 103) INFO : 4 4.376 = 7.000 - 80.50 * 0.181^2 ( 0.417) : RSAEPSVFVRTT : Loop ID = 58 : 1LBCA.pdb.bin ( 160 - 171) INFO : 5 3.812 = 7.000 - 80.50 * 0.199^2 ( 0.451) : IGGANRDISILQ : Loop ID = 74 : 1FJ2A.pdb.bin ( 156 - 167) INFO : 6 3.214 = 9.000 - 80.50 * 0.268^2 ( 1.198) : LSGHSTYYIYVI : Loop ID = 371 : 1S5DA.pdb.bin ( 68 - 79) INFO : 7 2.974 = 6.000 - 80.50 * 0.194^2 ( 0.471) : KNREPVQLETLS : Loop ID = 78 : 1B34A.pdb.bin ( 46 - 57) INFO : 8 2.838 = 9.000 - 80.50 * 0.277^2 ( 0.832) : RAGRKRGHWMWF : Loop ID = 188 : 2D2YA.pdb.bin ( 23 - 34) INFO : 9 2.798 = 11.000 - 80.50 * 0.319^2 ( 1.571) : TSPTLRREECSV : Loop ID = 496 : 2PF2_.pdb.bin ( 119 - 130) INFO : 10 2.426 = 5.000 - 80.50 * 0.179^2 ( 0.400) : QPESAGQLWLTV : Loop ID = 49 : 1PX4A.pdb.bin ( 674 - 685) INFO : 11 1.847 = 8.000 - 80.50 * 0.276^2 ( 0.862) : LKGIERNMDVQE : Loop ID = 205 : 1WYWA.pdb.bin ( 182 - 193) INFO : 12 1.826 = 6.000 - 80.50 * 0.228^2 ( 0.897) : LSATGSTINTGA : Loop ID = 221 : 1QNRA.pdb.bin ( 74 - 85) INFO : 13 1.268 = 8.000 - 80.50 * 0.289^2 ( 0.950) : LSGHSTYYLYVL : Loop ID = 243 : 1XTCA.pdb.bin ( 76 - 87) INFO : 14 0.967 = 4.000 - 80.50 * 0.194^2 ( 0.730) : PAVPYSAWDFND : Loop ID = 154 : 1VAHA.pdb.bin ( 126 - 137) INFO : 15 0.939 = 2.000 - 80.50 * 0.115^2 ( 0.763) : KHNLVDPETILV : Loop ID = 165 : 1VKNA.pdb.bin ( 158 - 169) INFO : 16 0.800 = 2.000 - 80.50 * 0.122^2 ( 0.502) : MATGEKRIIGID : Loop ID = 90 : 1EW0A.pdb.bin ( 80 - 91) INFO : 17 0.640 = 3.000 - 80.50 * 0.171^2 ( 0.540) : SVQAKAGDKMSF : Loop ID = 106 : 1KRHA.pdb.bin ( 184 - 195) INFO : 18 0.551 = 4.000 - 80.50 * 0.207^2 ( 0.669) : PAVPYSAWDFND : Loop ID = 132 : 1PPI_.pdb.bin ( 126 - 137) INFO : 19 0.493 = 1.000 - 80.50 * 0.079^2 ( 0.106) : SIYGEKFEDENF : Loop ID = 2 : 1IHGA.pdb.bin ( 95 - 106) INFO : 20 0.461 = 2.000 - 80.50 * 0.138^2 ( 0.429) : VGAPERRNILMV : Loop ID = 65 : 1ZPDA.pdb.bin ( 425 - 436) INFO : 21 0.337 = 4.000 - 80.50 * 0.213^2 ( 0.866) : SDVAPTALVVNS : Loop ID = 209 : 1TWYA.pdb.bin ( 144 - 155) INFO : 22 0.202 = 6.000 - 80.50 * 0.268^2 ( 1.090) : DKKADCTITMAD : Loop ID = 323 : 1C44A.pdb.bin ( 65 - 76) INFO : 23 0.095 = 7.000 - 80.50 * 0.293^2 ( 0.435) : TERQPRTHYYAV : Loop ID = 67 : 1VFD_.pdb.bin ( 79 - 90) INFO : 24 0.009 = 1.000 - 80.50 * 0.111^2 ( 0.247) : VKYTSASSTSAL : Loop ID = 16 : 1ZAP_.pdb.bin ( 328 - 339) INFO : 25 -0.068 = 4.000 - 80.50 * 0.225^2 ( 1.069) : PAVPYSAWDFND : Loop ID = 306 : 1HX0A.pdb.bin ( 125 - 136) INFO : 26 -0.213 = 6.000 - 80.50 * 0.278^2 ( 0.627) : NPPPPINFQEWD : Loop ID = 120 : 1ZQ9A.pdb.bin ( 177 - 188) INFO : 27 -0.315 = 4.000 - 80.50 * 0.232^2 ( 1.003) : VLGKHENSLDAF : Loop ID = 265 : 1GNLA.pdb.bin ( 161 - 172) INFO : 28 -0.381 = 1.000 - 80.50 * 0.131^2 ( 0.185) : SIYGERFPDENF : Loop ID = 9 : 1CYNA.pdb.bin ( 78 - 89) INFO : 29 -0.409 = 0.000 - 80.50 * 0.071^2 ( 0.133) : KAAGDKPVVLDM : Loop ID = 4 : 1FAAA.pdb.bin ( 29 - 40) INFO : 30 -0.480 = 4.000 - 80.50 * 0.236^2 ( 1.178) : IPGSAATLNTSI : Loop ID = 363 : 1YWMA.pdb.bin ( 2 - 13) INFO : 31 -0.482 = 6.000 - 80.50 * 0.284^2 ( 1.005) : YPSKSTLIHQGE : Loop ID = 266 : 1I6XA.pdb.bin ( 17 - 28) INFO : 32 -0.553 = 2.000 - 80.50 * 0.178^2 ( 0.557) : VESNGTLTLSHF : Loop ID = 111 : 2OVO_.pdb.bin ( 41 - 52) INFO : 33 -0.699 = 1.000 - 80.50 * 0.145^2 ( 0.286) : QDCENCNIYIFD : Loop ID = 21 : 2BX6A.pdb.bin ( 31 - 42) INFO : 34 -0.755 = 8.000 - 80.50 * 0.330^2 ( 1.170) : GHTHERVFEEVD : Loop ID = 354 : 1S3LA.pdb.bin ( 118 - 129) INFO : 35 -0.768 = 5.000 - 80.50 * 0.268^2 ( 1.017) : LHTTIKPRKIEK : Loop ID = 271 : 1Y44A.pdb.bin ( 44 - 55) INFO : 36 -0.825 = 3.000 - 80.50 * 0.218^2 ( 0.429) : FDDPRAEIVIAN : Loop ID = 66 : 1INLA.pdb.bin ( 139 - 150) INFO : 37 -0.895 = 5.000 - 80.50 * 0.271^2 ( 1.365) : KDITGSVISPHD : Loop ID = 424 : 1E5EA.pdb.bin ( 234 - 245) INFO : 38 -0.940 = 4.000 - 80.50 * 0.248^2 ( 1.047) : SNPEVRYEVCDI : Loop ID = 289 : 1GMNA.pdb.bin ( 154 - 165) INFO : 39 -0.943 = 1.000 - 80.50 * 0.155^2 ( 0.485) : SPVKHPELTDMV : Loop ID = 81 : 1GRO_.pdb.bin ( 136 - 147) INFO : 40 -0.954 = 9.000 - 80.50 * 0.352^2 ( 2.082) : ENSRSNRWLSTA : Loop ID = 621 : 1O69A.pdb.bin ( 262 - 273) INFO : 41 -1.042 = 3.000 - 80.50 * 0.224^2 ( 1.103) : SPTQVFFNSANV : Loop ID = 327 : 1H8EH.pdb.bin ( 7 - 18) INFO : 42 -1.063 = 4.000 - 80.50 * 0.251^2 ( 0.837) : MSHEPKTITLVP : Loop ID = 191 : 1EZRA.pdb.bin ( 112 - 123) INFO : 43 -1.105 = 4.000 - 80.50 * 0.252^2 ( 1.037) : YDPQSDFTARWT : Loop ID = 282 : 1W18A.pdb.bin ( 15 - 26) INFO : 44 -1.117 = 2.000 - 80.50 * 0.197^2 ( 0.477) : EHPEIKAISFVG : Loop ID = 80 : 1T90A.pdb.bin ( 214 - 225) INFO : 45 -1.161 = 1.000 - 80.50 * 0.164^2 ( 0.407) : LAEPERQVIAVI : Loop ID = 51 : 1Q6ZA.pdb.bin ( 413 - 424) INFO : 46 -1.224 = 6.000 - 80.50 * 0.300^2 ( 1.532) : YPSKSTLIHQGE : Loop ID = 486 : 1HW5A.pdb.bin ( 22 - 33) INFO : 47 -1.229 = 1.000 - 80.50 * 0.166^2 ( 0.314) : SPVKHPELTDMV : Loop ID = 28 : 1GRP_.pdb.bin ( 136 - 147) INFO : 48 -1.272 = 7.000 - 80.50 * 0.321^2 ( 1.135) : RSAEPSVFVRTT : Loop ID = 342 : 2ANJA.pdb.bin ( 162 - 173) INFO : 49 -1.291 = 1.000 - 80.50 * 0.169^2 ( 0.329) : SPVKHPELTDMV : Loop ID = 31 : 1HJ6A.pdb.bin ( 136 - 147) INFO : 50 -1.316 = 5.000 - 80.50 * 0.280^2 ( 0.946) : AQYGADSFQWTF : Loop ID = 242 : 1ECEA.pdb.bin ( 306 - 317) INFO : 51 -1.338 = 1.000 - 80.50 * 0.170^2 ( 0.389) : SPVKHPELTDMV : Loop ID = 42 : 1CW4A.pdb.bin ( 137 - 148) INFO : 52 -1.503 = 2.000 - 80.50 * 0.209^2 ( 0.769) : VESNGTLTLSHF : Loop ID = 169 : 1SGDI.pdb.bin ( 36 - 47) INFO : 53 -1.612 = -1.000 - 80.50 * 0.087^2 ( 0.156) : NEAEGINETIDC : Loop ID = 5 : 4FXC_.pdb.bin ( 8 - 19) INFO : 54 -1.648 = 1.000 - 80.50 * 0.181^2 ( 0.533) : LAEPERQVIAVI : Loop ID = 104 : 1PI3A.pdb.bin ( 413 - 424) INFO : 55 -1.711 = 1.000 - 80.50 * 0.183^2 ( 0.445) : LAEPERQVIAVI : Loop ID = 72 : 1YNOA.pdb.bin ( 413 - 424) INFO : 56 -1.715 = 0.000 - 80.50 * 0.146^2 ( 0.940) : QHPSMYFILTVA : Loop ID = 236 : 1OZ2A.pdb.bin ( 46 - 57) INFO : 57 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KQGSHTQHVKHY : Loop ID = 820 : 2A8BA.pdb.bin ( 163 - 174) INFO : 455 -15.221 = -3.000 - 80.50 * 0.390^2 ( 2.722) : MKLSHETVTIEL : Loop ID = 783 : 1B34A.pdb.bin ( 6 - 17) INFO : 456 -15.233 = 4.000 - 80.50 * 0.489^2 ( 3.283) : TKDAKAVIRTGE : Loop ID = 937 : 1OGDA.pdb.bin ( 104 - 115) INFO : 457 -15.249 = -2.000 - 80.50 * 0.406^2 ( 2.786) : LSIFDPVANYRA : Loop ID = 803 : 1PKLA.pdb.bin ( 8 - 19) INFO : 458 -15.274 = -2.000 - 80.50 * 0.406^2 ( 2.621) : CSAGSSGQRWVF : Loop ID = 757 : 1M2TB.pdb.bin ( 206 - 217) INFO : 459 -15.317 = -2.000 - 80.50 * 0.407^2 ( 2.748) : CSSAPGPLELDL : Loop ID = 792 : 1QVYA.pdb.bin ( 12 - 23) INFO : 460 -15.326 = -5.000 - 80.50 * 0.358^2 ( 1.886) : NGLCGKIYIWKG : Loop ID = 575 : 1J72A.pdb.bin ( 275 - 286) INFO : 461 -15.371 = 3.000 - 80.50 * 0.478^2 ( 2.156) : LGLHNTHFDSFD : Loop ID = 633 : 1ES5A.pdb.bin ( 129 - 140) INFO : 462 -15.397 = 0.000 - 80.50 * 0.437^2 ( 2.067) : DEPVDRIVSIGA : Loop ID = 618 : 1L1EA.pdb.bin ( 111 - 122) INFO : 463 -15.427 = -1.000 - 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: Loop ID = 1049 : 1JL2A.pdb.bin ( 91 - 102) INFO : 769 -24.072 = -1.000 - 80.50 * 0.535^2 ( 4.270) : SGAEADYDVVML : Loop ID = 1166 : 1FECA.pdb.bin ( 270 - 281) INFO : 770 -24.121 = -9.000 - 80.50 * 0.433^2 ( 1.895) : NSFYPEVELNFI : Loop ID = 581 : 1FBL_.pdb.bin ( 206 - 217) INFO : 771 -24.139 = -5.000 - 80.50 * 0.488^2 ( 0.992) : TPQFFPRELLHD : Loop ID = 262 : 1I52A.pdb.bin ( 160 - 171) INFO : 772 -24.187 = -6.000 - 80.50 * 0.475^2 ( 1.180) : VDGSPLSPSFQR : Loop ID = 364 : 1XPHA.pdb.bin ( 82 - 93) INFO : 773 -24.189 = 6.000 - 80.50 * 0.612^2 ( 4.354) : KQVPVSYYDSTY : Loop ID = 1180 : 1E1HA.pdb.bin ( 58 - 69) INFO : 774 -24.235 = -4.000 - 80.50 * 0.501^2 ( 3.074) : YIGGEVFAECLS : Loop ID = 893 : 1KHXA.pdb.bin ( 75 - 86) INFO : 775 -24.250 = -9.000 - 80.50 * 0.435^2 ( 1.500) : SLTPVFHQEMVN : Loop ID = 477 : 1ZZTA.pdb.bin ( 378 - 389) INFO : 776 -24.282 = -9.000 - 80.50 * 0.436^2 ( 3.768) : KKNGDVVCGGDD : Loop ID = 1062 : 1U73A.pdb.bin ( 67 - 78) INFO : 777 -24.322 = -3.000 - 80.50 * 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3.780) : MYGGMRGMKGLV : Loop ID = 1068 : 2CTS_.pdb.bin ( 40 - 51) INFO : 839 -26.042 = -13.000 - 80.50 * 0.403^2 ( 1.189) : FAGIPHRTGWRG : Loop ID = 368 : 1PSWA.pdb.bin ( 84 - 95) INFO : 840 -26.046 = -7.000 - 80.50 * 0.486^2 ( 4.253) : EMSGHVFFKERW : Loop ID = 1162 : 1K2YX.pdb.bin ( 320 - 331) INFO : 841 -26.055 = -7.000 - 80.50 * 0.487^2 ( 2.339) : NAENPRGTFLVR : Loop ID = 681 : 1O4RA.pdb.bin ( 22 - 33) INFO : 842 -26.118 = -5.000 - 80.50 * 0.512^2 ( 3.520) : PFKRIPIYTQEM : Loop ID = 1000 : 1MMA_.pdb.bin ( 119 - 130) INFO : 843 -26.134 = -3.000 - 80.50 * 0.536^2 ( 3.981) : IIDQGPLPTLTD : Loop ID = 1103 : 1IT2A.pdb.bin ( 1 - 12) INFO : 844 -26.165 = -1.000 - 80.50 * 0.559^2 ( 2.643) : NPGLKLPSQNIA : Loop ID = 766 : 1IXG_.pdb.bin ( 119 - 130) INFO : 845 -26.206 = 4.000 - 80.50 * 0.613^2 ( 3.043) : NKKFSNQYKATI : Loop ID = 884 : 1T91A.pdb.bin ( 23 - 34) INFO : 846 -26.213 = -4.000 - 80.50 * 0.525^2 ( 2.537) : DDVVSADNYTLD : Loop ID = 735 : 1IARB.pdb.bin ( 65 - 76) INFO : 847 -26.261 = -12.000 - 80.50 * 0.421^2 ( 1.677) : APRCPFPTRHPC : Loop ID = 517 : 1Q6ZA.pdb.bin ( 235 - 246) INFO : 848 -26.286 = -4.000 - 80.50 * 0.526^2 ( 1.951) : PSYYHLNVHFTA : Loop ID = 600 : 1ST0A.pdb.bin ( 233 - 244) INFO : 849 -26.395 = -10.000 - 80.50 * 0.451^2 ( 2.217) : VDYTKPTAVLFG : Loop ID = 652 : 1V2XA.pdb.bin ( 110 - 121) INFO : 850 -26.443 = -2.000 - 80.50 * 0.551^2 ( 4.176) : LKPGDSLQSEAG : Loop ID = 1144 : 1WDTA.pdb.bin ( 304 - 315) INFO : 851 -26.462 = -8.000 - 80.50 * 0.479^2 ( 1.565) : ILPHLNYKIIEG : Loop ID = 494 : 2A7MA.pdb.bin ( 141 - 152) INFO : 852 -26.491 = -9.000 - 80.50 * 0.466^2 ( 1.271) : AKGVYAGGVQAG : Loop ID = 393 : 1E54A.pdb.bin ( 305 - 316) INFO : 853 -26.534 = 3.000 - 80.50 * 0.606^2 ( 2.222) : QSYFVTDYDPTI : Loop ID = 654 : 2ERYA.pdb.bin ( 26 - 37) INFO : 854 -26.548 = -5.000 - 80.50 * 0.517^2 ( 3.204) : ERDPDELRFNAI : Loop ID = 918 : 1XD3A.pdb.bin ( 212 - 223) INFO : 855 -26.566 = 5.000 - 80.50 * 0.626^2 ( 2.977) : LNERGDILLVQE : Loop ID = 864 : 1SJYA.pdb.bin 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WARN : Steric clash between A 116 -> T 114 = 3.003 in loop 838 - 1THEA.pdb.bin WARN : Steric clash between Y 102 -> R 110 = 2.981 in loop 894 - 1OP8A.pdb.bin WARN : Steric clash between L 99 -> Y 111 = 2.147 in loop 1036 - 1T57A.pdb.bin WARN : Steric clash between L 99 -> Y 111 = 2.365 in loop 636 - 1BG2_.pdb.bin WARN : Steric clash between A 116 -> T 114 = 3.186 in loop 964 - 1OC9A.pdb.bin WARN : Steric clash between A 116 -> M 113 = 2.833 in loop 1195 - 1VE3A.pdb.bin WARN : Steric clash between Y 102 -> S 107 = 1.951 in loop 551 - 1SZBA.pdb.bin WARN : Steric clash between R 103 -> R 109 = 1.453 in loop 1064 - 1BN8A.pdb.bin WARN : Steric clash between A 116 -> T 114 = 3.153 in loop 911 - 1TXLA.pdb.bin WARN : Steric clash between A 116 -> T 114 = 2.604 in loop 942 - 1L0WA.pdb.bin WARN : Steric clash between Y 102 -> D 108 = 2.370 in loop 358 - 1W78A.pdb.bin WARN : Steric clash between L 117 -> M 113 = 2.709 in loop 700 - 1IYEA.pdb.bin WARN : Steric clash between A 116 -> T 114 = 2.803 in loop 920 - 2D3IA.pdb.bin WARN : Steric clash between A 116 -> T 114 = 3.064 in loop 627 - 1HZDA.pdb.bin WARN : Steric clash between L 99 -> Y 111 = 2.932 in loop 996 - 1UBKS.pdb.bin WARN : Steric clash between A 116 -> T 114 = 2.470 in loop 995 - 1Z7XW.pdb.bin WARN : Steric clash between A 116 -> T 114 = 2.663 in loop 1168 - 1B3EA.pdb.bin WARN : Steric clash between A 116 -> T 114 = 2.910 in loop 879 - 1GNLA.pdb.bin WARN : Steric clash between Y 102 -> D 108 = 3.189 in loop 842 - 1CM0A.pdb.bin WARN : Steric clash between L 117 -> Y 111 = 2.163 in loop 1105 - 1PN4A.pdb.bin WARN : Steric clash between A 116 -> T 114 = 2.718 in loop 978 - 1H76A.pdb.bin WARN : Steric clash between Y 102 -> R 110 = 1.757 in loop 763 - 1KMZA.pdb.bin WARN : Steric clash between A 116 -> T 114 = 2.869 in loop 998 - 1EH3A.pdb.bin WARN : Steric clash between Y 102 -> R 110 = 2.375 in loop 877 - 1VCEA.pdb.bin WARN : Steric clash between Y 102 -> R 110 = 2.412 in loop 958 - 1WNGA.pdb.bin WARN : Steric clash between Y 102 -> R 110 = 1.283 in loop 814 - 1KQBA.pdb.bin WARN : Steric clash between A 116 -> T 114 = 2.716 in loop 957 - 1CB6A.pdb.bin WARN : Steric clash between A 116 -> T 114 = 2.689 in loop 1148 - 1H45A.pdb.bin WARN : Steric clash between A 116 -> T 114 = 2.796 in loop 989 - 1B0LA.pdb.bin WARN : Steric clash between A 116 -> T 114 = 2.567 in loop 1184 - 1CA1_.pdb.bin WARN : Steric clash between A 116 -> T 114 = 2.718 in loop 1177 - 1DTGA.pdb.bin WARN : Steric clash between A 116 -> T 114 = 2.754 in loop 1159 - 1FQFA.pdb.bin WARN : Steric clash between A 116 -> T 114 = 2.771 in loop 1003 - 1H44A.pdb.bin WARN : Steric clash between Q 98 -> R 110 = 2.824 in loop 833 - 1D0CA.pdb.bin WARN : Steric clash between A 116 -> T 114 = 2.763 in loop 1106 - 1IQ7A.pdb.bin WARN : Steric clash between L 117 -> M 113 = 1.897 in loop 587 - 1P7OA.pdb.bin WARN : Steric clash between A 116 -> T 114 = 2.977 in loop 882 - 1NZYB.pdb.bin WARN : Steric clash between A 116 -> T 114 = 3.128 in loop 891 - 1CE2A.pdb.bin WARN : Steric clash between A 116 -> T 114 = 2.693 in loop 1074 - 1LCF_.pdb.bin WARN : Steric clash between A 116 -> T 114 = 2.521 in loop 1055 - 3RANA.pdb.bin WARN : Steric clash between A 116 -> T 114 = 2.794 in loop 952 - 2BJJX.pdb.bin WARN : Steric clash between A 116 -> T 114 = 2.968 in loop 1001 - 1C80A.pdb.bin WARN : Steric clash between A 116 -> T 114 = 2.730 in loop 1058 - 1LFG_.pdb.bin WARN : Steric clash between Y 102 -> R 109 = 2.882 in loop 994 - 1IUQA.pdb.bin INFO : Identifed 922 loops for gap 104 - 115 : 'EGTSDRRYNMTE' WARN : Model missing 87 N-terminal residues WARN : Model missing 153 C-terminal residues ________________________________________________________________________________ INFO : Cyclic-Coordinate Descent (CCD) and selection for gap 104 - 115 INFO : CCD : Closed loop 452 in 74 N->C cycles (RMSD = 0.0799312 : N-C = 1.2982) INFO : CCD : Closed loop 18 in 79 N->C cycles (RMSD = 0.079995 : N-C = 1.3059) INFO : CCD : Closed loop 74 in 77 N->C cycles (RMSD = 0.079994 : N-C = 1.29729) INFO : CCD : Closed loop 371 in 154 N->C cycles (RMSD = 0.0799725 : N-C = 1.35666) INFO : CCD : Closed loop 78 in 81 N->C cycles (RMSD = 0.0799959 : N-C = 1.36768) INFO : CCD : Closed loop 188 in 74 N->C cycles (RMSD = 0.0799912 : N-C = 1.34663) INFO : CCD : Closed loop 496 in 132 N->C cycles (RMSD = 0.0799961 : N-C = 1.37868) INFO : CCD : Closed loop 49 in 519 N->C cycles (RMSD = 0.0799914 : N-C = 1.34416) INFO : CCD : Closed loop 205 in 150 N->C cycles (RMSD = 0.0799875 : N-C = 1.33451) INFO : CCD : Closed loop 221 in 107 N->C cycles (RMSD = 0.079986 : N-C = 1.36227) INFO : CCD : Closed loop 243 in 134 N->C cycles (RMSD = 0.079998 : N-C = 1.38268) INFO : CCD : Closed loop 154 in 66 N->C cycles (RMSD = 0.0799982 : N-C = 1.3688) INFO : CCD : Closed loop 165 in 251 N->C cycles (RMSD = 0.0799972 : N-C = 1.28338) INFO : CCD : Closed loop 106 in 136 N->C cycles (RMSD = 0.0799578 : N-C = 1.2865) INFO : CCD : Closed loop 132 in 72 N->C cycles (RMSD = 0.0798054 : N-C = 1.37003) INFO : CCD : Closed loop 65 in 76 N->C cycles (RMSD = 0.0799187 : N-C = 1.28437) INFO : CCD : Closed loop 209 in 26 N->C cycles (RMSD = 0.0796023 : N-C = 1.37079) INFO : CCD : Closed loop 323 in 494 N->C cycles (RMSD = 0.0799848 : N-C = 1.28635) ERROR : CCD : Failed loop 67 in 5000 N->C cycles (RMSD = 0.0949942 : N-C = 1.32892) INFO : CCD : Closed loop 16 in 234 N->C cycles (RMSD = 0.0799954 : N-C = 1.30932) ________________________________________________________________________________ WARN : Number of combinations exceeds maximum number (20 = 20 > 10) INFO : Randomly assembling loop combinations INFO : Combining loops by simulated annealing. T = 2.00 -> 0 in 100 steps (T update = 0.02) INFO : Combination 1 / 10 INFO : 1 : Energy = -5.822 (T = 2.00) : I = 0 : R = 0 : RoG = 25.672 : PP = -2.875 : SP = 4.401 : SE = 0.000 : HO = -32.374 : TE = -0.645429 INFO : 1 : Energy = -8.196 (T = 1.98) : I = 1 : R = 1 : RoG = 30.824 : PP = -2.281 : SP = 3.807 : SE = 3.178 : HO = -42.936 : TE = -0.787108 INFO : 1 : Energy = -8.460 (T = 1.96) : I = 2 : R = 2 : RoG = 30.605 : PP = -2.262 : SP = 3.404 : SE = 1.906 : HO = -41.386 : TE = -0.726246 INFO : 1 : Energy = -8.460 (T = 1.94) : I = 3 : R = 2 : RoG = 30.605 : PP = -2.262 : SP = 3.404 : SE = 1.906 : HO = -41.386 : TE = -0.726246 INFO : 1 : Energy = -7.196 (T = 1.92) : I = 4 : R = 3 : RoG = 31.012 : PP = -2.247 : SP = 3.419 : SE = 1.648 : HO = -40.232 : TE = -0.795770 INFO : 1 : Energy = -9.971 (T = 1.90) : I = 5 : R = 4 : RoG = 30.441 : PP = -1.419 : SP = 3.490 : SE = 0.029 : HO = -41.798 : TE = -0.713431 INFO : 1 : Energy = -9.609 (T = 1.88) : I = 6 : R = 5 : RoG = 28.308 : PP = -0.635 : SP = 2.805 : SE = 3.545 : HO = -42.895 : TE = -0.737662 INFO : 1 : Energy = -9.609 (T = 1.86) : I = 7 : R = 5 : RoG = 28.308 : PP = -0.635 : SP = 2.805 : SE = 3.545 : HO = -42.895 : TE = -0.737662 INFO : 1 : Energy = -9.915 (T = 1.84) : I = 8 : R = 6 : RoG = 28.276 : PP = -0.417 : SP = 2.852 : SE = 3.673 : HO = -43.546 : TE = -0.753161 INFO : 1 : Energy = -9.915 (T = 1.82) : I = 9 : R = 6 : RoG = 28.276 : PP = -0.417 : SP = 2.852 : SE = 3.673 : HO = -43.546 : TE = -0.753161 INFO : 1 : Energy = -9.953 (T = 1.80) : I = 10 : R = 7 : RoG = 28.548 : PP = -0.236 : SP = 2.754 : SE = 3.978 : HO = -44.299 : TE = -0.699846 INFO : 1 : Energy = -9.616 (T = 1.78) : I = 11 : R = 8 : RoG = 30.239 : PP = -1.466 : SP = 3.407 : SE = 0.146 : HO = -41.192 : TE = -0.748588 INFO : 1 : Energy = -9.953 (T = 1.76) : I = 12 : R = 9 : RoG = 28.548 : PP = -0.236 : SP = 2.754 : SE = 3.978 : HO = -44.299 : TE = -0.699846 INFO : 1 : Energy = -9.953 (T = 1.74) : I = 13 : R = 9 : RoG = 28.548 : PP = -0.236 : SP = 2.754 : SE = 3.978 : HO = -44.299 : TE = -0.699846 INFO : 1 : Energy = -8.460 (T = 1.72) : I = 14 : R = 10 : RoG = 30.605 : PP = -2.262 : SP = 3.404 : SE = 1.906 : HO = -41.386 : TE = -0.726246 INFO : 1 : Energy = -13.352 (T = 1.70) : I = 15 : R = 11 : RoG = 28.567 : PP = -1.365 : SP = 3.626 : SE = 1.059 : HO = -44.225 : TE = -1.013894 INFO : 1 : Energy = -13.352 (T = 1.68) : I = 16 : R = 11 : RoG = 28.567 : PP = -1.365 : SP = 3.626 : SE = 1.059 : HO = -44.225 : TE = -1.013894 INFO : 1 : Energy = -13.352 (T = 1.66) : I = 17 : R = 11 : RoG = 28.567 : PP = -1.365 : SP = 3.626 : SE = 1.059 : HO = -44.225 : TE = -1.013894 INFO : 1 : Energy = -13.352 (T = 1.64) : I = 18 : R = 11 : RoG = 28.567 : PP = -1.365 : SP = 3.626 : SE = 1.059 : HO = -44.225 : TE = -1.013894 INFO : 1 : Energy = -13.352 (T = 1.62) : I = 19 : R = 11 : RoG = 28.567 : PP = -1.365 : SP = 3.626 : SE = 1.059 : HO = -44.225 : TE = -1.013894 INFO : 1 : Energy = -13.352 (T = 1.60) : I = 20 : R = 11 : RoG = 28.567 : PP = -1.365 : SP = 3.626 : SE = 1.059 : HO = -44.225 : TE = -1.013894 INFO : 1 : Energy = -9.971 (T = 1.58) : I = 21 : R = 12 : RoG = 30.441 : PP = -1.419 : SP = 3.490 : SE = 0.029 : HO = -41.798 : TE = -0.713431 INFO : 1 : Energy = -9.915 (T = 1.56) : I = 22 : R = 13 : RoG = 28.276 : PP = -0.417 : SP = 2.852 : SE = 3.673 : HO = -43.546 : TE = -0.753161 INFO : 1 : Energy = -9.915 (T = 1.54) : I = 23 : R = 13 : RoG = 28.276 : PP = -0.417 : SP = 2.852 : SE = 3.673 : HO = -43.546 : TE = -0.753161 INFO : 1 : Energy = -5.352 (T = 1.52) : I = 24 : R = 14 : RoG = 29.021 : PP = -0.570 : SP = 2.840 : SE = 4.206 : HO = -40.102 : TE = -0.747509 INFO : 1 : Energy = -13.352 (T = 1.50) : I = 25 : R = 15 : RoG = 28.567 : PP = -1.365 : SP = 3.626 : SE = 1.059 : HO = -44.225 : TE = -1.013894 INFO : 1 : Energy = -13.352 (T = 1.48) : I = 26 : R = 15 : RoG = 28.567 : PP = -1.365 : SP = 3.626 : SE = 1.059 : HO = -44.225 : TE = -1.013894 INFO : 1 : Energy = -13.352 (T = 1.46) : I = 27 : R = 15 : RoG = 28.567 : PP = -1.365 : SP = 3.626 : SE = 1.059 : HO = -44.225 : TE = -1.013894 INFO : 1 : Energy = -13.352 (T = 1.44) : I = 28 : R = 15 : RoG = 28.567 : PP = -1.365 : SP = 3.626 : SE = 1.059 : HO = -44.225 : TE = -1.013894 INFO : 1 : Energy = -13.352 (T = 1.42) : I = 29 : R = 15 : RoG = 28.567 : PP = -1.365 : SP = 3.626 : SE = 1.059 : HO = -44.225 : TE = -1.013894 INFO : 1 : Energy = -13.352 (T = 1.40) : I = 30 : R = 15 : RoG = 28.567 : PP = -1.365 : SP = 3.626 : SE = 1.059 : HO = -44.225 : TE = -1.013894 INFO : 1 : Energy = -13.352 (T = 1.38) : I = 31 : R = 15 : RoG = 28.567 : PP = -1.365 : SP = 3.626 : SE = 1.059 : HO = -44.225 : TE = -1.013894 INFO : 1 : Energy = -10.903 (T = 1.36) : I = 32 : R = 16 : RoG = 29.371 : PP = -2.383 : SP = 3.333 : SE = 2.327 : HO = -42.806 : TE = -0.744012 INFO : 1 : Energy = -10.903 (T = 1.34) : I = 33 : R = 16 : RoG = 29.371 : PP = -2.383 : SP = 3.333 : SE = 2.327 : HO = -42.806 : TE = -0.744012 INFO : 1 : Energy = -10.903 (T = 1.32) : I = 34 : R = 16 : RoG = 29.371 : PP = -2.383 : SP = 3.333 : SE = 2.327 : HO = -42.806 : TE = -0.744012 INFO : 1 : Energy = -10.903 (T = 1.30) : I = 35 : R = 16 : RoG = 29.371 : PP = -2.383 : SP = 3.333 : SE = 2.327 : HO = -42.806 : TE = -0.744012 INFO : 1 : Energy = -10.903 (T = 1.28) : I = 36 : R = 16 : RoG = 29.371 : PP = -2.383 : SP = 3.333 : SE = 2.327 : HO = -42.806 : TE = -0.744012 INFO : 1 : Energy = -10.903 (T = 1.26) : I = 37 : R = 16 : RoG = 29.371 : PP = -2.383 : SP = 3.333 : SE = 2.327 : HO = -42.806 : TE = -0.744012 INFO : 1 : Energy = -10.409 (T = 1.24) : I = 38 : R = 17 : RoG = 29.670 : PP = -1.783 : SP = 2.740 : SE = 3.264 : HO = -43.512 : TE = -0.787877 INFO : 1 : Energy = -8.196 (T = 1.22) : I = 39 : R = 18 : RoG = 30.824 : PP = -2.281 : SP = 3.807 : SE = 3.178 : HO = -42.936 : TE = -0.787108 INFO : 1 : Energy = -13.352 (T = 1.20) : I = 40 : R = 19 : RoG = 28.567 : PP = -1.365 : SP = 3.626 : SE = 1.059 : HO = -44.225 : TE = -1.013894 INFO : 1 : Energy = -13.352 (T = 1.18) : I = 41 : R = 19 : RoG = 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: 10 : Energy = -13.352 (T = 0.38) : I = 81 : R = 22 : RoG = 28.567 : PP = -1.365 : SP = 3.626 : SE = 1.059 : HO = -44.225 : TE = -1.013894 INFO : 10 : Energy = -13.352 (T = 0.36) : I = 82 : R = 22 : RoG = 28.567 : PP = -1.365 : SP = 3.626 : SE = 1.059 : HO = -44.225 : TE = -1.013894 INFO : 10 : Energy = -13.352 (T = 0.34) : I = 83 : R = 22 : RoG = 28.567 : PP = -1.365 : SP = 3.626 : SE = 1.059 : HO = -44.225 : TE = -1.013894 INFO : 10 : Energy = -13.352 (T = 0.32) : I = 84 : R = 22 : RoG = 28.567 : PP = -1.365 : SP = 3.626 : SE = 1.059 : HO = -44.225 : TE = -1.013894 INFO : 10 : Energy = -13.352 (T = 0.30) : I = 85 : R = 22 : RoG = 28.567 : PP = -1.365 : SP = 3.626 : SE = 1.059 : HO = -44.225 : TE = -1.013894 INFO : 10 : Energy = -13.352 (T = 0.28) : I = 86 : R = 22 : RoG = 28.567 : PP = -1.365 : SP = 3.626 : SE = 1.059 : HO = -44.225 : TE = -1.013894 INFO : 10 : Energy = -13.352 (T = 0.26) : I = 87 : R = 22 : RoG = 28.567 : PP = -1.365 : SP = 3.626 : SE = 1.059 : HO = -44.225 : TE = 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: I = 100 : R = 12 : RoG = 28.567 : PP = -1.365 : SP = 3.626 : SE = 1.059 : HO = -44.225 : TE = -1.013894 INFO : model.2.pdb : Energy = -13.352 (T = 0) : I = 100 : R = 22 : RoG = 28.567 : PP = -1.365 : SP = 3.626 : SE = 1.059 : HO = -44.225 : TE = -1.013894 INFO : model.3.pdb : Energy = -13.352 (T = 0) : I = 100 : R = 13 : RoG = 28.567 : PP = -1.365 : SP = 3.626 : SE = 1.059 : HO = -44.225 : TE = -1.013894 INFO : model.4.pdb : Energy = -13.352 (T = 0) : I = 100 : R = 26 : RoG = 28.567 : PP = -1.365 : SP = 3.626 : SE = 1.059 : HO = -44.225 : TE = -1.013894 INFO : model.5.pdb : Energy = -13.352 (T = 0) : I = 100 : R = 12 : RoG = 28.567 : PP = -1.365 : SP = 3.626 : SE = 1.059 : HO = -44.225 : TE = -1.013894 INFO : model.6.pdb : Energy = -13.352 (T = 0) : I = 100 : R = 10 : RoG = 28.567 : PP = -1.365 : SP = 3.626 : SE = 1.059 : HO = -44.225 : TE = -1.013894 INFO : model.7.pdb : Energy = -13.352 (T = 0) : I = 100 : R = 9 : RoG = 28.567 : PP = -1.365 : SP = 3.626 : SE = 1.059 : HO = -44.225 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